Ochrana prírody

Sĺňava je od roku 1980 zaradená do siete chránených území SR.
Do roku 1994 bolo toto územie chránené ako študijná plocha
a od roku 1994 už ako chránený areál.
Plocha chráneného areálu je 690 ha.Vodná plocha zaberá 430 ha. 
Sĺňava je dôležitá pre radu živočíchov i rastlinstvo.
Najvačší význam má pre vtáctvo.
Údolím Váhu vedie dôležitá migračná cesta vtákov.
Vodné vtáctvo ho využíva pri jarnom a jesennom ťahu
ako odpočinkovú stanicu. 
Niektoré druhy zostávajú i niekoľko dní,týždňov či mesiacov.
Vďaka priaznivým mikroklimatickým podmienkam, ktoré súvisia s termálnymi prameňmi, voda na viacerých miestach nezamŕza ani v najtuhších mrazoch a tak niektoré druhy vtáctva dokonca prezimujú. 
Sĺňava sa radí medzi najdôležitejšie zimoviská vtáctva na Slovensku,
a významné vtáčie územia v rámci Európy.
V 60 - ich rokoch tu vytvoril Viliam Kubán, ktorý sa celý život venoval
ochrane a výskumu vtáctva, tzv. Kubánovu výsadbu, kde vznikli výborné podmienky na hniezdenie vtáctva.
V roku 1972 vznikol uprostred Sĺňavy tzv. Vtáčí ostrov, kde každoročne hniezdi veľké množstvo čajok.
Vzácnosťou je Rybár riečny, ktorý je ohrození aj v rámci Európy.